1973年に行方不明になった埼玉県上福岡市（現・ふじみ野市）の女性の2人の朝鮮籍児童が拉致されたとされるが、その女性の夫が北朝鮮の工作員であり、さらに夫が勤務していた東京の貿易会社・ユニバーストレーディングの元女性社員が、警察当局の事情聴取に対し、「北朝鮮本国による判断を仰いだ」などと供述していたことが判った[4]。
2007年4月25日、警視庁公安部は、上福岡市の事件に関して、国外移送目的拐取容疑で、事件に関与した疑いの強い工作員らが一時期、活動に参加していた「在日本朝鮮留学生同盟中央本部」（留学同）など、朝鮮総聯傘下の団体や関連先など4か所を家宅捜索した[5]。捜索の際に在日朝鮮人の男性が“公務執行妨害”で逮捕され富坂警察署に連行された（この際容疑事実の告知はされなかった）ものの、5月末に不起訴処分・釈放となっている[6]。これに関し、家宅捜索の際に、捜査員が中に入るのを妨害した人間が複数いたのが、TVでも報道されていた。
また、公安部は東京都内の貿易会社に、多数の工作員が入社した経緯などを知る立場にあった可能性があるとして、朝鮮総聯の徐萬述議長、許宗萬責任副議長、南昇祐副議長を参考人として事情を聞く方針で、同日に書面で出頭を求めたが聴取要請を拒否する旨を、高徳羽副議長は同年4月26日にマスメディア向け記者会見で述べた
1973年在日朝鮮人子弟失踪事件を日本政府の安倍政権が一連の日本人拉致事件に結びつけた政治的な民族弾圧だと主張している
これまで朝鮮総聯は、ビザやパスポート発行代理業務を行うなど北朝鮮の窓口として、「外交機関に準ずる機関」であるという大義名分の下に課税減免措置がとられていた。
しかしながら、2002年9月の小泉純一郎首相（当時）訪朝で拉致問題に北朝鮮が関与を認めたことを境に、国内の北朝鮮関連組織や施設への優遇措置が見直される傾向が進んだ。
東京都による固定資産税減免措置撤廃が発表されて半年もしないうちに、朝鮮総聯施設が私的施設であり、対日・対南工作機関であるという現状のほうに強く焦点が当たりはじめた。
現在では全額減免している地域は全国130自治体のうち、7自治体まで減っている。また、現在では6割以上の自治体が減免措置無しとなっている。
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